Doktorské studium programu Aplikovaná geologie zajišťuje přípravu vědeckých pracovníků v oblasti geologických věd s výrazným technickým a aplikačním zaměřením. Cílem studia je, aby absolvent doktorského studijního programu byl připraven pro uplatnění ve vývojové a výzkumné činnosti nejen v České republice, a rovněž v zahraničí, a to v oblasti příslušného zaměření oboru, pro řešení náročných, netradičních a složitých geovědních problémů.